Uten å vite dine flytider (ankomst og avreise til Munchen) så skal du få disse til å harmonere med en togreise på 6-7 timer for å komme deg til Geneve, Zurich eller andre knutepunkter for så å skifte til regions togene. Du vil være veldig sårbar for flyforsinkelser mtp at togfrekvensen nok ikke er altfor hyppig. Du ender fort opp med å bruke 2-3 dager bare på transport når du skal tilpasse fly/tog/distanse.
Siden Zermatt, Chamonix og områdene rundt står så høyt på listen din ville jeg vurdert å endre flybillettene til enten Zurich eller Geneve ( om det da er mulig uten en million i gebyrer...)
Sjekk ut denne linken til Glacier Express. Mulig du finner noe interessant der. http://www.glacierexpress.ch/EN/Travel_information/Map_route/Pages/default.aspx